제주 제2공항 반대 단체가 2015년 11월 제2공항 사전타당성 검토 용역 과정에서 부정적인 외국 전문기관의 자문보고서를 반영하지 않았다는 의혹을 제기하자 국토교통부가 반박에 나섰다. 

제주 제2공항반대범도민행동에 따르면 외국 전문 자문기관인 버지니아텍은 제2공항 대안과 관련해 추가 연구가 필요하고 단점이 있는 안이라고 평가했다. 이미 정석비행장이 존재해 제2공항 위치는 신중히 검토해야 한다며 부정적으로 기술했다.

국토부는 이러한 자문 결과를 사전 타당성 검토 용역보고서에 반영하지 않았고, 더욱이 자문결과 보고서는 후보지 발표 이후에 나왔다는게 범도민행동의 주장이다.

도민행동은 14일 "제2공항으로 답을 정해 놓고 용역 보고서를 만들었을 가능성이 크다”며 “다른 대안에 대한 자료왜곡과 교묘한 점수 조작이 실제로 이뤄졌음을 의미한다”고 의혹을 제기했다.

이에 대해 국토부는 이날 오후 해명자료를 내고 "제2공항 계획에 외국기관의 부정적 자문내용 고의 누락, 외국자문 결과를 용역보고서에 싣지 않은 것은 객관성과 공정성을 결여했다는 주장은 사실이 아니"라고 반박했다.

국토부는 "제주 공항인프라 확충 사전타당성 검토 용역 수행과정에서 대안평가과정 등에 대한 외국 전문기관과의 자문회의 등 결과를 충분히 검토․반영했다"고 밝혔다.

국토부는 "용역 보고서는 2개 공항 운영에 따른 효율성 저하 우려 등을 적시하면서도, 환경 보전과 건설 및 운영여건을 종합적으로 고려할 때 제2공항 건설을 최적의 대안으로 선정, 제시했다"고 강조했다.