이는 당초 주민투표 혁신안에 적시된 대로 도지사가 직점 임명하는 '임명제'로 가겠다는 것을 의미하는 것으로 해석된다.

그러나 주민투표 이후 대부분의 도민들이 막강한 도지사 권한 분산을 위해 통합시장을 주민 직선 또는 러닝메이트제를 선호하고 있는데다가 국회 행자위 의원들도 '제왕적 도지사'의 출현을 우려해 주민선출 방식을 선호하고 있어 지역사회에서 상당한 논란은 물론 입법심의 과정에서 진통이 일 것으로 보인다.

또 열린우리당 노현송 의원이 "주민이 직접 선출한다는 차원에서 도지사와 러닝메이트제로 심판받는 것은 어떠냐"는 질의에 대해서도 "아직까지는 러닝메이트제는 생각하지 않고 있다"며 거듭 통합시장을 도지사가 임명하는 방식을 선택할 것임을 피력했다.

제주시와 북제주군, 서귀포시와 남제주군이 통합되는 통합형 시장을 도지사가 임명하도록 한다는 것은 주민투표에 명시(혁신안)된 것으로 현재 행정자치부가 마련 중인 제주도행정구조개편 특별법에도 통합시장 선출방법을 도지사 임명직으로 하는 내용을 포함시키고 있다.

하지만 이는 김태환 지사가 주민투표를 전후해 "점진안의 장점도 수용하겠다"고 기회가 있을 때마다 밝혀 왔으며, '도지사의 권한이 너무 막강해 지는 게 아니냐'는 여론에 대해서는 "도지사와 러닝메이트제로 선출하는 방안을 검토할 수 있다고"고 강조해 왔던 것과는 입장이 180도로 바뀐 것이다. 러닝메이트제에 대해서는 제주도 관계자들도 그 필요성을 인정해 왔다.

제주MBC가 창사 37주년을 맞아 지난 9월초 실시한 도민여론조사에서도 응답자의 절대다수인 68.8%가 '주민이 투표로 직접 선출'하는 방안을 선호했으며 11.9%는 '도지사와의 러닝메이트제'를 지지했다. 김 지사가 염두에 두고 있는 '도지사 임명'을 찬성하는 도민여론은 10.2%에 불과했다.

이날 국정감사에서도 상당수 의원들이 지방자치 정신을 살리고 막강한 도지사의 권한을 견제하기 위해서는 비록 통합시에 법인격이 주어지지는 않더라도 선출은 주민들이 직접할 수 있도록 해야 한다는 주장을 쏟아냈다.

강창일 의원은 이날 국정감사에서 "주민투표에서 혁신안이 많게 나오기는 했으나 혁신안에 대한 반대여론 중 하나가 도지사가 제왕적 도지사가 될 수 있다는 우려 때문이었다"면서 "임명직 시장을 임기보장형 시장직으로 하는 방안을 검토해 보고 있느냐"며 임기보장형 시장직을 제안했다.

또 노현송 의원도  "행정구조개편에 대해 지방자치가 후퇴되고 권한이 도지사에게 집중된다는 지적이 있다"고 말문을 열고는 "현재 선출직 임명직에 대해서는 기초단체에 속한 분들이나 지방자치 연구가들이 반대 의견을 내 놓고 있다"며 "도지사가 시군을 일사불란하게 움직이는 것도 좋지만 한편으로는 지방자치 정신을 훼손한다는 지적을 수용한다는 차원에서 통합시장은 선출해서 뽑아도 문제가 없다"며 통합시장을 선출직으로 할 것을 요구했다.

노 의원은 "그대로 선출직으로 한다면 서로 당이 다를 경우 업무추진이 어렵기도 한 만큼 그런 문제점을 해소하고 지방자치단체 장을 주민이 직접 선출한다는 차원에서 도지사와 기초단체장이 함께 러닝메이트로 출마해서 심판받는 것은 어떠냐"며 "이 경우 주민들이 선출할 수 있는 자치권은 부여되고 같은 당이기 때문에 의사를 사전에 조율할 수 있어 행정의 걸림돌은 제거되는 반면 도지사의 권한 집중도 분산된다"며 러닝메니트제 도입을 거듭 촉구했다.

심 의원은 "이 같은 문제를 해결하기 이해 통합시장을 임명직으로 할게 아니라 주민들이 선출하는 임기보장 책임형 시장으로 하거나 혹은 도지사와 러닝메이트로 선출한다면 단일 광역단체로서의 효율성도 확보하고 주민의 자치권도 어느 정도 보장하는 것이 될 것"이라며 주민 직접선출에 의해 방식을 주문했다.