도민들은 제주지역에서 가장 심각한 사회적 갈등은 지역갈등과 환경갈등으로 꼽았다. 또 현재 도민사회에서 심각한 갈등으로 부상하고 있는 해군기지 갈등의 발생원인이 도민의견 수렴을 무시하고 있기 때문으로 보고 있는 것으로 나타났다.

제주도로부터 '제주특별자치도 사회협약제도 도입 방안에 관한 연구' 용역을 의뢰받은 제주발전연구원이 제주에 거주하는 20세 이상 일반도민 545명과 관계위원회 95명에 대한 여론조사 결과,  일반도민들의 213%가 지역갈등과 환경갈등(골프장개발, 관광지 개발 등)을 가장 심각한 사회적 갈등으로 꼽았다.

또 중앙부처와의 갈등(FTA협상 등), 선거에 의한 갈등(9.5%), 보수와 진보의 이념 갈등(8.8%)순으로 심각한 문제로 바라봤으며, 군사기지 설치와 관련한 갈등은 5.9%로 이를 심각한 지역사회 갈등으로 보는 도민들은 이외로 적었다.

앞으로 특별자치도 추진과정에서 나타나게 될 가장 심각한 사회적 갈등으로 새로운 정책실행에 따른 '정책갈등(23.1%)'를 들었으며, 지역갈등(16.5%), 환경갈등(15.2%), 이념갈등(10.2%), 중앙정부와의 갈등(9.9%)., 계층갈등(7.0%)을 들었다. 

이념적 갈등의 원인은 개인들의 다양한 생각, 가치와 세계관의 차이에서 비롯된다는 답변이 52.9%로 가장 많았고, 지역갈등은 상대적 지역격차와 제주시지역으로의 인구집중과 제주시 중심의 개발정책이 각각 30.3%로 가장 높았다. 계층간 갈등은 상류층의 재산대물림과 서민등의 생활고 때문이라는 답변이 각각 20.4%를 차지했다.

제주지역에서 나타나는 선거관련 갈등원인은 응답자의 41.5%가 '후보자에 대한 줄서기 선거문화' 때문이라고 지적했으며, '수단과 방법을 가리지 않는 선거풍토(19.6%)'와 '선거가 워낙 과열해서(13.4%)'도 주요 원인으로 꼽혔다.

환경갈등은 55.6%가 '천경환경의 파괴를 가져오기 때문'으로 봤으며, 12.7%는 '주민의견 수렴이 제대로 안됐기 때문'에 환경갈등이 벌어지는 것으로 답변했다. 지역주민들이 이익이 없기 때문이라는 지역이기주의가 개발갈등의 원인이라는 답변은 6.6%에 그쳤다.

또 정책갈등은 26.6%가 '도의 일방적 정책 수립과 실행' 22.2%가 '도민의견 수렴이 제대로 안돼서', 15.8%가 '정책수행의 불투명성' 11.6%가 '정책사업에 대한 홍보부족' 등 대부분 행정의 책임을 들었다.

현재 도민사회에서 찬반갈등이 일고 있는 군사기지 설치관련 갈등 원인으로 도민들의 26.9%는 '도민의견수렴 무시' 때문이라고 밝혀 해군의 일방적 추진이 가장 중요한 문제임을 지적했다. 또 두번째는 '군사기지 설치 후 부정적 효과예측(23.6%)'. '군당국의 일방적 계획 및 발표(12.6%)', '도민과 군 당국의 상호 신뢰부족(15/0%)'을 들었다.

응답자들은 사회갈등 해소방안으로 34.5%가 '사랑화 화압의 공동체 문화 조성'을 들었고, 22.0%는 '새로운 법과 제도를 만드는 일', 21.5%는 '새로운 조직(혹은 기주)에 의한 적극적 활동'을 들었다.