해군기지 찬반여부 여론조사에서 후보지 주민들의 가중치를 반영하지 않아 논란을 빚는 것과 관련, 김태환 지사는 "그 문제점은 처음부터 갖고 들어갔다"고 말해 스스로 이번 여론조사 결과에 주민의견 반영이 적절하지 못했음을 시인했다. 

김 지사는 15일 아침 MBC라디로 <손석희의 시선집중>에 출연 전체 도민 여론조사 1500명 중 남원, 안덕, 대천동 등 세 군데 후보지 주민은 103명만 반영돼 지역의련 수렴방안으로 적절하지 않은 것 아니냐는 질문에 대해 이 같이 답변했다.

김 지사는  "해당지역에는 가중치를 둬야 되는 것 아니냐고 저도 평소에 그러한 생각을 가졌으나 여론조사 전문가들과 협의를 해본 결과 가중치를 두는 것은 여론조사 방법에 있어서 적정하지가 않다고 해서 전문가의 의견을 받아들이게 된 것"이라고 말했다.

김 지사는 결론적으로 1500명 중 지역주민이 103명만 들어간 것에 대해 적절하다고 답하면서도 "지역주민 의견이 덜 반영된 게 아니냐"는 질문에는 "그 문제점은 저희가 처음부터 갖고 들어갔다"고 말했다.

김 지사는 주민투표를 실시하지 않은 이유에 대해 "처음에 신중하게 (주민투표)검토를 했으나 (주민투표)법상 국가정책에 관한 이러한 것은 원칙적으로 배제하게 돼 있으며, 다만 소관부처장관이 그걸 동의를 하게 되면 가능하게 돼있다"면서 "국방부에서는 국방에 관한, 안보에 관한 건데 이걸 주민투표로 가부를 결정하는 건 바람직스럽지 않지 않느냐는 이런 의견이 있어 이를 받아들인 것"이라고 말했다.

김 지사는 "(해군기지 유치) 찬성이 56%로 절반을 넘었으며, 반대와 차이가 21%가 넘어섰기 때문에 정책을 결정하는데 그렇게 큰 부담은 없었다"고 밝혔다.

김 지사는 해군기지 유치에 따른 중앙정부의 지원과 관련해서는 "지난 달 13일 국방부장관이 제주에 와서 주민에게 정부 입장을 발표했지만 그 때는 찬성 반대에 대한 입장이 결정이 안 된 상태였기 때문에 구체화 시키지 못했지만 앞으로 정부당국과 긴밀히 협의를 해 나가겠다"고 말했다.

김 지사는 "앞으로 중앙정부에 우리 도의 입장을 충분히 전달할 것이고 아마 중앙정부 당국에서도 우리 제주도에 이런 걸 반대급부라기보다는 우리 제주도의 발전을 위해서 각별한 애정을 갖고 신경을 쓰지 않겠느냐는 기대를 갖고 있다"면서 14일 해군기지 여론조사 결과 발표 당시 '만족스럽지 않다'고 표현한 것은 "그건 도민의 기대에는 미치지 못했다"라고 표현한 것이라고 해명했다.

김 지사는 또 '선 동의-후 합의'가 제주도에 불리할 것 같지 않느냐는 질문에는 "해군기지는 국가안보에 관한 것이기 때문에 유불리를 떠나,우리가 자존심도 있기 때문에 떳떳하게 결정할 것은 결정하고, 정부의 발표 입장을 믿고 그리고 또 정부에서도 앞으로도 저희 도에 각별한 그러한 성의를 가지고 이렇게 지원할 부분은 확실히 지원하리라고 생각한다"고 말했다.