[제주의소리]가 2023년 7월 2일 보도한 [현대차-카카오도 세금 돌려줘! 제주 행정시에 무더기 소송] 기사와 관련해 해당 기업들이 줄줄이 소송을 포기하고 있다.

15일 관련 업계에 따르면 주식회사 KT가 제주시와 서귀포시 상대로 제기한 법인지방소득세 경정청구 거부처분 취소소송에 대해 어제(14일) 자로 소 취하서를 법원에 제출했다.

KT를 시작으로 제주에 본사나 사업장을 둔 카카오와 현대자동차, CJ대한통운 등 대기업들도 줄줄이 소송을 접기로 했다. 소 취하가 예상되는 유사 소송만 30건에 이른다.

이번 소송은 SK하이닉스가 법인지방소득세 소송에서 처음 승소하면서 시작됐다. 이에 다른 기업들도 소송전에 합류하기 시작했다.

소송의 핵심은 법인지방소득세 이월공제 적용이다. 법인지방소득세는 소득세 납세의무가 있는 법인이 관할 지방자치단체에 내는 지방세다.

지방세법 제89조에 따라 법인 또는 연결법인이 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 경우 각각의 사업장 소재지에 세금을 납부해야 한다.

문제는 2013년 지방세법과 지방세특례제한법이 개정되면서 불거졌다. 법인지방소득세가 법인세 과세 표준의 1.0~2.5%를 적용하는 독립세 방식으로 바뀌면서 이월공제가 끊겼다.

그 전에는 기존 법인세와 연동해 이월된 과세기간의 공제한도 범위 내에서 공제가 가능했다. 기업들은 법인세 이월공제액에 비례해 법인지방소득세도 공제해야 한다고 주장했다.

당시 개정된 지방세법 부칙에는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면해야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 명시돼 있다.

SK하이닉스가 처음 제기한 법인지방소득세 소송에서 법원은 기업들의 손을 들어줬다. 해당 법령의 부칙은 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 조항으로 판단했다.

반면 대법원의 판단은 달랐다. 조세감면 등을 명시적으로 정한 종전의 규정이 존재하지 않는다고 판단했다. 기존 법령이 조세감면 등을 정한 규정에 해당하지도 않는다고 해석했다.

최근 서울고등법원에서 열린 파기환송심에서 원고의 청구가 최종 기각되면서 법인지방소득세 이월공제의 명분이 사라졌다.

KT를 시작으로 대기업들이 대부분 소송을 철회하면서 제주시와 서귀포시는 한시름을 놓게 됐다. 4월 제주지방법원에서 변론 예정이던 재판 일정도 모두 취소될 것으로 보인다.